Il territorio comunale, confinante con la provincia di Brindisi, si estende per 29,28 km². È parte della Valle della Cupa, ossia di quella porzione di pianura salentina, intorno al capoluogo leccese, caratterizzata da una grande depressione carsica. Il territorio risulta compreso tra i 15 e i 57 metri sul livello del mare, con l'altezza massima che si raggiunge presso la Serra di Sant'Elia. Il territorio di Squinzano comprende anche la Marina di Casalabate, ridente cittadina marittima a 4 km di distanza.